Im Jahre 1622 holte Herzog Wolfgang Wilhelm die Barmherzigen Brüder, einen spanischen Orden nach Neuburg. Die Brüder führten das von ihm erbaute Männerkrankenhaus. Die dazugehörige Klosterkirche wurde dem Bischof Wolfgang geweiht, dem Namenspatron des Fürsten.
Wahrscheinlich wurde die Kirche 1633 durch die Schweden zerstört; denn 1696/97 ist von einem Neubau die Rede. Im 19. Jahrhundert wurde bei der Vergrößerung des Krankentraktes die Kirche völlig umgestaltet. Das Deckenbild zeigt Szenen aus der Legende des heiligen Wolfgang.
In der Kapelle befinden sich fünf Altäre, die reich mit Gold gefasst sind. Das Altarbild im rechten Chorraum ist ein Werk des Neuburger Hofmalers Franz Hagen, es zeigt den Gründer der Barmherzigen Brüder, Johannes von Gott.